Le Groupe de travail du Comité permanent inter-organisations pour la protection contre l'exploitation et les abus sexuels a été créé à la suite d'un examen mené par le personnel de l'Organisation des Nations Unies, d'organisations non gouvernementales, de l'Organisation internationale pour les migrations (OIM) et de la Fédération internationale de la Croix-Rouge (FICR). L'examen a mis en évidence le besoin de s'attaquer au risque élevé d'exploitation et d'abus sexuels dans les missions humanitaires, l'absence de progrès dans le secteur humanitaire par rapport à celui du maintien de la paix, la nécessité d'encourager la communauté humanitaire à mieux appliquer la circulaire du Secrétaire général (ST/SGB/2003/13) et l'importance de mobiliser les dirigeants humanitaires au plus haut niveau, car ils étaient, selon les participants à l'examen, un facteur clé pour assurer l'avancée de la lutte contre l'exploitation et les abus sexuels. Le rapport concluait également que des efforts importants avaient été entrepris dans le secteur du maintien de la paix et que des rapports concernant les efforts interinstitutions devraient être présentés au Comité permanent interorganisations.

Le Groupe de travail du Comité permanent interorganisations a repris les travaux du Groupe de travail pour la prévention de l'exploitation et de la violence sexuelles des Comités exécutifs pour les affaires humanitaires et pour la paix et la sécurité. Le Groupe de travail du Comité permanent interorganisations est une instance de collaboration entre tous les membres du Comité (ONU, organisations non gouvernementales, OIM et FICR), qui aborde de manière transversale les questions relatives aux missions humanitaires, au développement et au maintien de la paix. Ce groupe de travail a fusionné avec un autre sous-groupe du Comité permanent interorganisations en 2014 et est connu sous le nom d'Équipe spéciale du Comité permanent interorganisations chargée de l'application du principe de responsabilité à l'égard des populations touchées et de la protection contre l'exploitation et les abus sexuels.